GR Yaris telah mengalami pembaruan signifikan setelah lima tahun sejak peluncurannya. Untuk tahun 2025, mobil ini kini dilengkapi dengan body kit baru yang terdiri dari enam item termasuk sayap belakang yang dapat disesuaikan untuk kestabilan di lintasan balap. Selain itu, GR Yaris juga memiliki pendinginan mesin yang ditingkatkan untuk mesin turbocharged 1.6 liter tiga silinder. Toyota telah menambahkan saluran udara baru di belakang roda depan untuk meningkatkan stabilitas saat mobil menikung pada kecepatan tinggi. Perubahan lainnya termasuk bibir spoiler depan, penyamaran baru untuk tangki bahan bakar, dan penyesuaian transmisi otomatis delapan percepatan untuk perpindahan gigi yang lebih responsif.
Selain itu, berbagai fitur telah ditingkatkan seperti power steering elektrik yang disetel ulang dan rem parkir vertikal yang lebih luas ketersediaannya. Toyota juga telah memperluas penggunaan Toyota Safety Sense menjadi standar pada model dasar di Jepang. GR Yaris yang telah diperbarui memiliki baut yang diperlebar untuk kekakuan yang lebih baik, peredam kejut yang disesuaikan, dan pijakan kaki yang lebih besar. Harganya mulai dari 3.560.000 yen ($24.700) untuk model entry-level dengan manual hingga 5.330.000 yen ($37.000) untuk versi range-topping dengan transmisi otomatis. Saat ini belum ada informasi apakah pembaruan ini akan ditawarkan di luar Jepang.
